تطرق البابا بنديكتوس السادس عشر خلال زيارته الى المانيا الى موضوع حساس جدا هو العلاقات مع الاسلام وعرض تأملات مشوبة بالحذر حيال ديانة اخذ عليها انها لا تدين بالشدة المطلوبة العنف الذي يمارس باسم الإيمان وان "المشيئة الإلهية" فيها منقطعة عن العقل.

ولم يسبق للبابا الذي جعل من الحوار بين الاديان احدى اولويات بابويته، ان تطرق علنا وبهذا الوضوح الى الاسلام. غير انه لم يتردد الثلاثاء غداة الذكرى الخامسة لاعتداءات 11 ايلول/سبتمبر 2001 في ادانة "الجهاد" و"اعتناق الدين مرورا بالعنف" بلغة مبطنة، خلال حديث الى اساتذة جامعيين وطلاب في راتيسبون جنوب المانيا. واستند البابا الذي كان يشغل مقعدا لتدريس اللاهوت وتاريخ العقيدة في جامعة راتيسبون منذ عام 1969، الى فكر استاذ جامعي ليقيم تمييزا واضحا ما بين المسيحية والاسلام على صعيد العلاقة بين الايمان والعقل. وقال: "ان الله في العقيدة الاسلامية مطلق السمو ومشيئته ليست مرتبطة باي من مقولاتنا ولا حتى بالعقل"، وقارن  مع الفكر المسيحي المشبع بالفلسفة الاغريقية، موضحا ان هذا الفكر يرفض "عدم العمل بما ينسجم مع العقل" وكل ما هو "مخالف للطبيعة الإلهية".

وذكر مقطعا من حوار دار في القرن الرابع عشر بين امبراطور بيزنطي و"فارسي مثقف"، إذ يقول الإمبراطور للمثقف: "أرني ما الجديد الذي جاء به محمد، لن تجد الا اشياء شريرة وغير انسانية مثل امره بنشر الدين الذي كان يبشر به بحد السيف".
وكان البابا شدد صباحا في راتيسبون امام حشد من المصلين ضم اكثر من مائتي الف شخص وبدون ان يذكر ديانة معينة، على اهمية "ان نقول بوضوح بأي اله نؤمن "في مواجهة " الأمراض القاتلة التي تنخر الديانة والعقل".
وقد حرص بنديكتوس السادس عشر في كلمته على توضيح انه يستعير تعابير وحجج آخرين، الا ان كلمته اثارت العديد من التعليقات الاربعاء.
وكتبت احدى الصحف الألمانية ان "البابا تطرق الى مفهوم 'الجهاد' ليظهر الفارق بين المسيحية والاسلام". وقال جيل كيبيل الخبير الشهير بالإسلام في مقابلة اجرتها معه صحيفة "لا ريبوبليكا" الايطالية ان البابا "حاول الدخول في منطق النص القرآني" لكنه رأى ان النتائج "تنطوي على مجازفة لان الخطاب قد يحمل قسما من المسلمين على التطرف".
وأظهر عالم اللاهوت المعارض هانس كونغ تشددا اكثر حيث رأى ان "هذه التصريحات لن تلقى بالتاكيد ترحيبا لدى المسلمين وتستوجب توضيحا عاجلا".
كذلك انتقد التصريحات اعجاز احمد، عميد الجالية الباكستانية في ايطاليا والعضو في اللجنة الاستشارية حول الاسلام التي انشأتها الحكومة "آمل الا يستخدم الاسلاميون الاصوليون هذا الكلام"، داعيا البابا الى "سحب كلامه".
وقال اعجاز احمد ان "البابا في خطابه اغفل ان الاسلام كان مهد العلوم وان المسلمين كانوا اول من ترجم للفلاسفة الاغريقيين قبل انتقالهم الى التاريخ الاوروبي". واضاف "ان العالم الاسلامي يعيش حاليا ازمة عميقة واي هجوم من الغرب قد يؤدي الى تفاقم هذه الازمة".
واضطر الاب فيديريكو لومباردي المدير الجديد للمكتب الاعلامي التابع للحبر الاعظم الى التحدث الى الصحافيين ليوضح ان "البابا لم (يشأ) اعطاء تفسير للاسلام يذهب في اتجاه العنف".
غير ان بعض خبراء الفاتيكان رأوا ان البابا اراد على ما يبدو وضع شروط لحوار مع المسلمين قبل اسابيع قليلة من زيارته المقررة الى تركيا بين 28 و30 تشرين الثاني/نوفمبر. وقد عارض الكاردينال السابق يوزف راتسينغر باستمرار انضمام هذا البلد الاسلامي الى الاتحاد الاوروبي.
وقام بنديكتوس السادس عشر منذ بداية ولايته البابوية بخطوة لافتة بارساله رئيس مجلس الحوار بين الديانات رئيس الاساقفة، البريطاني مايكل فيتزجيرالد (68 عاما) الى منصب ممثل الكرسي البابوي في مصر ولدى الجامعة العربية. وفسر هذا القرار على انه ابعاد لفيتزجيرالد الذي كان يقود حوار الكنيسة الكاثوليكية مع الاسلام.