أصدرت المؤسسة العربية لحقوق الإنسان تقريرها السنوي، للسنة الثالثة على التوالي الذي ترصد من خلاله انتهاكات حقوق الانسان التي اتبعتها الدولة ومؤسساتها، خلال العام 2006 تجاه الأقلية الفلسطينية في إسرائيل. وترتسم من المعلومات الواردة في التقرير السنوي صورة نمطية من التمييز العنصري، الذي ترسخ في السياسات الرسمية والقانونية، ليصبح نهجًا، أخطر ما فيه أنه تحول إلى القاعدة القانونية التي تحكم علاقة الدولة والأغلبية السكانية بالأقلية الفلسطينية. حيث أفضت القوانين العنصرية والسياسات التمييزية إلى خلق قاعدة تقوم على قبول العنصرية، بل وترفدها بدوافع ومبررات قانونية وسياسية.
ووفق التقرير فقد شهد العام 2006 استمرارًا لسياسة مصادرة الأراضي، وخنق القرى والمدن العربية ومنعها من التطور، إضافة لتصاعد عمليات هدم البيوت العربية في الجليل والمثلث والنقب والمدن المختلطة، في الوقت الذي وضعت فيه الدولة ومؤسساتها التخطيطية كافة الخطط والبرامج لإتمام سياسة التهويد، التي تهدف إلى تغيير التركيبة الديمغرافية من خلال خطة "تطوير النقب والجليل"، التي اعتبرتها الحكومة، بكافة وزاراتها، خطة وطنية رصدت من أجلها الملايين من الدولارات، لتشجع إقامة البلدات والمستوطنات اليهودية على أراضي واسعة، في حين يتم تضييق الخناق على القرى العربية وحصرها في بلدات تفتقر لأبسط مقومات البقاء والتطور، وتعاني المشاكل التخطيطية والنواقص في البنى التحتية، وتواجه خطر الهدم والاخلاء، علاوة على حرمانها من مياه الشرب والخدمات الأساسية.

ويشير التقرير الى أن العام 2006 شهد الحرب العدوانية الإسرائيلية على جنوب لبنان، والتي أظهرت، إضافة لوحشية الاعتداء على المدنيين اللبنانيين، التمييز الذي يواجهه المواطنون العرب في مجالات عديدة، كان أبرزها النقص الكبير بالملاجئ، وحتى انعدامها في غالبية القرى العربية، وانعدام غرف الأمان والطوارئ، إضافة لانعدام وجود صفارات الانذار والمواد الإرشادية للمواطنين العرب. كل هذا علاوة على التحريض الذي قامت به وسائل الاعلام العبرية تجاه المواطنين العرب أثناء الحرب وبعدها، وتجاهلها للثمن الباهظ الذي دفعه هؤلاء المواطنون بالخسائر البشرية والمادية.
وتؤكد المؤسسة في تقريرها ان العام 2006 شهد تزايداً في مظاهر العنصرية تجاه المواطنين العرب من قبل الأغلبية اليهودية، حيث أظهرت استطلاعات الرأي تأييداً متصاعداً (62%) لفكرة الترحيل القسري (الترانسفير السكاني) للعرب من البلاد، وأن أكثر من 40% يؤيدون الفصل العنصري، وكل ذلك ثمرة للسياسات الرسمية والأجواء العامة، التي انعكست في زيادة تمثيل أحزاب يهودية متطرفة في الانتخابات الأخيرة، ومن ثم مشاركتها في الائتلاف الحكومي، الأمر الذي سهل نشر أفكارها العنصرية وبث سمومها ضد المواطنين العرب في سياق مهامها الرسمية والوزارية، مما فتح المجال أمام أحزاب أخرى وأعضاء كنيست من تيارات مختلفة للتسابق بطرح أفكارها واقتراحاتها العنصرية تجاه المواطنين العرب على شكل اقتراحات قوانين عديدة تصف العرب على أنهم "طابور خامس" و"أعداء الدولة".
وحذرت المؤسسة العربية في تقريرها جراء تزايد الاعتداءات الجسدية على المواطنين العرب، من قبل رجال الشرطة، دون مبرر ودونما محاسبة، واعتبرته استمراراً للتعامل مع المواطنين العرب "بعقلية العدو"، الأمر الذي أشارت إليه "لجنة أور" في تقريرها وطالبت بإنهائه!! ويبدو أن هذه الظاهرة المقلقة فتحت الأبواب أمام استمرار اعتداءات جسدية وممارسة العنف من قبل مواطنين يهود ضد مواطنين عرب لأسباب عنصرية، كما يشير التقرير في عدة حالات.
كما يؤكد التقرير أن العام 2006 شهد استمرار انتهاك حرمة الأماكن المقدسة الإسلامية والإعتداء على حرمة المساجد والمقابر، إضافة للاعتداء على كنيسة البشارة بشكل يخالف القيم الإنسانية والدينية، ويثير أجواء من الكراهية والحقد والعنف.
وقد أكد مدير المؤسسة العربية، السيد محمد زيدان، ان المعلومات الواردة في التقرير تشير  إلى الإنحدار الخطير في مستوى انتهاكات حقوق الإنسان الفلسطيني في البلاد، وأن تقاعس المجتمع الدولي عن القيام بواجباته، لإرغام إسرائيل على احترام المعايير الإنسانية والدولية لحقوق الإنسان والصمت العالمي على الإنتهاكات الخطيرة، التي تحدث في المناطق الفلسطينية المحتلة وداخل إسرائيل، إنما يشكل مشاركة بالمسؤولية الأخلاقية والقانونية في استمرار هذه الإنتهاكات وتصاعدها. وأكد على دعوة المؤسسة العربية المجتمع الدولي لأخذ دور فعال من أجل توفير الأدوات اللازمة لفرض الرقابة والمتابعة، من أجل حماية المواطنين والأقلية من سلطة الدولة والأغلبية، ومن أجل حماية حقوق الإنسان وتطبيقها.