فيما تواصلّ مؤسسة الأقصى إنجاز أكبر قدر من مشاريع ترميم وصيانة المقدسات والأوقاف في الداخل الفلسطيني ، خاصة تلك المقابر والمساجد والمصليات التي صمدت وبقيت في القرى المهجرة عام 1948م ، فإنّ المقدسات الإسلامية تواجه حملة إعتداءات وإنتهاكات محمومة من قبل المؤسسة الاسرائيلية وأذرعها  المختلفة ، تمثلت بمنع إستكمال أعمال الصيانة والترميم رغم خطورة وضع هذه المقدسات وأيولها للهدم والتساقط والإندثار ، بالإضافة الى تعرض بعض موظفي مؤسسة الأقصى للاعتقال والحجز من قبل الشرطة الاسرائيلية .



فقبل أيام باشر قسم الصيانة في مؤسسة الأقصى بمشروع تسييج مقبرة عين غزال – قضاء حيفا - ، ولكن في اليوم الأول وبعد تسييج ما يقارب الـ 20م قامت "دائرة أراضي اسرائيل " بإيقاف ومنع العمل ، وهي الدائرة التي وعلى مدار سنين طوال تقف حجر عثرة أمام تسييج وترميم المقبرة ، وفي جولة ميدانية صباح اليوم الاربعاء 11/4/2007 وخلال تنفيذ مشروع رش الأعشاب في مقابر القرى المهجرة بالمبيدات ، كشف مندوب مؤسسة الأقصى السيد سمير درويش أن أيدٍ خفية يعتقد انها من المتطرفين اليهود قام بتخريب ما تمّ البدء به من تسييج المقبرة ، حيث أزيل ما نصب من أعمدة حديدية وتمّ قص الشريط الحديدي الذي ركب قبل أيام ، إرباً إرباً . 



كما منعت الشرطة الاسرائيلية استكمال أعمال الترميم في مصلى الشيخ ابريك في عتليت قضاء حيفا ، وهددت عمال قسم الصيانة في مؤسسة الأقصى بالاعتقال إن هم استمروا في عملهم بصيانة وترميم المصلى .
أما في مقبرة بيسان فقد تم انجاز العمل وأصلح ما تم تخريبه من شواهد قبور في إعتداء وقع بعد أعمال ترميم سابقة ، في حين  تهرّب رئيس بلدية بيسان على مدار أشهر من عقد جلسه معه ، بالرغم المحاولات المتكررة من قبل شخصيات عربية رسمية عقد جلسة معه ، وتعذّر الأمر بسبب "اعتذارات" رئيس البلدية المتكررة .
أما في مقبرة الكفرين الواقعة ضمن قرى الروحة- قضاء حيفا- ، فقد تمّ إيقاف أعمال رش المقبرة بالمبيد على يد مسؤولين عن مراعي الأبقار التابعة لمستوطنة "عين هشوفيط" ، واعتبروا أعمال الرش بالمبيد لسطح المقبرة أنها بمثابة تخريب الطعام للبقر ، بينما لا قدسية وأهمية للمقبرة الإسلامية .
هذا وقامت المؤسسة الإسرائيلية مؤخراً بإيقاف العمل في مشاريع ترميم عدة مصليات في منطقة المركز ، منها مصلى عشيش قضاء الخليل ،  وقامت الشرطة الإسرائيلية بإعتقال عدد من موظفي مؤسسة الأقصى ومصادرة أدوات العمل ، وأصدرت أمر منع للأعمال في هذه المصليات ، مع العلم أنّ هذه الأعمال جاءت لإنقاذ هذه المصليات من خطر الإنهيار إذ هي آيلة للسقوط والإندثار .
في سياق متصل تصرّ شركات اسرائيلية على قيامها بأعمال حفريات على ارض مقبرة قرية بيت دجن المهجرة عام 1948م في قضاء يافا ، بهدف شق شارع داخل المقبرة ، وذلك بعد أن ردت المحكمة العليا مؤخراً التماسا تقدمت به مؤسسة الأقصى لمنع هذه الحفريات ، ومنع شق هذا الشارع داخل المقبرة ، وأرسلت مهندسة الشركة المنفذة للمشروع المقام على ارض مقبرة بيت دجن رسالة الى محامي مؤسسة الأقصى السيد محمد سليمان دعت فيها الى عقد جلسة لطرح موضوع مشاركة ممثلين عن مؤسسة الأقصى لمراقبة أعمال الحفر ، الا أن المحامي رد برسالة مستعجلة أكد فيها ان مؤسسة الأقصى ترفض طلب وتوجه الشركة وترفض أي إجراء أو التعاون في عملية الحفريات على ارض المقبرة الاسلامية ، كما وأكدت الرسالة ان المؤسسة الأقصى وجميع المسلمين يرون في عملية الحفريات على ارض المقبرة مساً خطيراً بمشاعرهم وانتهاكاً صارخاً لحرمة الأموات ، وان هذه الجماهير تعرب عن رفضها لكل أشكال انتهاك حرمة المقابر وحرمة الأموات ، كما وتضمنت رسالة المحامي للشركة انه بالرغم من قرار المحكمة العليا وردها لالتماس مؤسسة الأقصى فإنه يستوجب البحث عن طريقة ووسيلة يمكن من خلالها تجنب المسّ بحرمة المقبرة والأموات فيها .