تحتوي الفليفلة على فوائد جمة تنعكس بشكل أساسي على جهازي الدورة الدموية والهضم. إذا أنها تنظم ضغط الدم وتقوي نبضات القلب، وتخفض الكوليسترول وتنظف جهاز الدورة الدموية وتعالج القرحة، وتوقف النزف، وتسرع من شفاء الجروح، وترميم الأنسجة التالفة، وتخفف من الاحتقان، وتساعد على الهضم، كما أنها تخفف من آلام التهاب المفاصل والروماتيزم وتمنع انتشار الأوبئة.
وتعمل الفليفلة على تنشيط جميع أجهزة الجسم وخلاياه، كما أنها تستخدم في كافة أنحاء العالم كمنشط وقابض ومضاد للتشنج، ومنعش للدورة الدموية ومضاد للكآبة، فضلا عن أنها مضادة للبكتيريا.
وإذا استخدمت على شكل توابل، فإنها تساعد على الهضم وتخفف من الإرباكات المعوية عن طريق تنشيط المعدة كي تنتج مزيدا من الإفرازات المخاطية.

وفي الصين تستخدم الفليفلة الحارة كفاتح للشهية ولتعزيز إفرازات اللعاب التي تساعد على الهضم. وأما في جهاز الدورة الدموية فإنها الفليفلة تساعد الشرايين والأوردة والأوعية الشعرية على استعادة مرونتها عن طريق تغذية الخلايا. 
الفليفلة تعمل على تمييع الدم ومنع حدوث الجلطات، كما أنها تنشط الجهاز الذي يحل الألياف، بالتالي فإنها تعمل على منع تشكل الجلطات وتحلل المتشكل منها.
وتساعد الفيلفة على تنشيط حركة الدم أكثر من أي نبات آخر.. ولذلك فقد وصفت بأنها أحد أفضل النباتات الملائمة للأزمات، وكونها ترفع من كفاءة عمل جهاز الدورة الدموية فإن الفليفلة الحمراء تعزز طاقة الجسم وتخفف من آثار الإجهاد الذي يتعرض له الإنسان.
وتحتوي الفليفلة على العديد من المواد الغذائية الضرورية لصحة جهاز الدورة الدموية بما في ذلك فيتامين سي والأملاح المعدنية كما أنها تتضمن كميات كبيرة من فيتامين (أ) الذي يساعد على الشفاء من القرحة المعدية، وكلما اشتد احمرار الفليفلة زادت كمية فيتامين (أ) فيها.
وأحد أنواع الفليفلة ويدعى بابريكا يتميز بأنه يحمل أكبر كمية من فيتامين سي بين جميع الأنواع الأخرى وبما أن الفليفلة تحتوي على كمية كبيرة من الأملاح المعدنية كالكبريت والحديد والكالسيوم والمغنزيوم إضافة إلى الفوسفور فإنها تعتبر علاجاً ناجعاً ضد مرض السكر والنفخة والتهاب المفاصل والبنكرياس، ومن الميزات الفريدة لها قدرتها على العمل كمنشط/ إذا أنها تعزز التأثيرات المفيدة للأعشاب الأخرى عن طريق ضمان التوزيع السريع والكامل للعناصر الفعالة في الأعشاب للمراكز الرئيسية في الجسم، كالأجهزة المسؤولة عن عمليات الاستقلاب، ونقل المعلومات، والتنفس الخلوي والنشاط الهرموني النووي.
وبما أن كمية قليلة من الفليفلة يمكن أن تزيد من فعالية معظم الأعشاب الأخرى، فقد تم استخدامها في معظم الخلطات العشبية لزيادة فعاليتها، فعند إضافتها للثوم، مثلاُ، فإنها تزيد من فعاليته كمضاد حيوي، كما أنها تقوي من تأثيره ليصبح شبيها بالبنسلين.
ومن المعروف أن الثوم والفليفلة معا يعملان على تخفيض ضغط الدم بسرعة وبشكل آمن. وتستخدم الفليفلة لتخفيف الآلام ولعلاج المشكلات التنفسية وأمراض النساء وعلاج أمراض القلب إضافة إلى علاج الغدة الدرقية. وعند إضافة القليل من الخل إلى الفليفلة فإنها تصبح مفيدة لتنظيف قصبات الإنسان.